Kaggle賽題解析：酶熱穩(wěn)定性預(yù)測(cè)

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比賽名稱：Novozymes Enzyme Stability Prediction

幫助識(shí)別酶中的熱穩(wěn)定突變

比賽類型：自然語(yǔ)言處理、生物醫(yī)學(xué)

比賽背景酶是在生物體的化學(xué)反應(yīng)中充當(dāng)催化劑的蛋白質(zhì)。本次比賽的目標(biāo)是預(yù)測(cè)酶變體的熱穩(wěn)定性。實(shí)驗(yàn)測(cè)量的熱穩(wěn)定性（熔化溫度）數(shù)據(jù)包括天然序列，以及在天然序列上具有單個(gè)或多個(gè)突變的工程序列。

了解和準(zhǔn)確預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)穩(wěn)定性是生物技術(shù)中的一個(gè)基本問(wèn)題。它的應(yīng)用包括酶工程，用于解決世界在可持續(xù)性、碳中和等方面的挑戰(zhàn)。提高酶穩(wěn)定性可以降低成本并提高科學(xué)家迭代概念的速度。語(yǔ)境

許多酶只是勉強(qiáng)穩(wěn)定，這限制了它們?cè)趷毫討?yīng)用條件下的性能。不穩(wěn)定性也會(huì)降低細(xì)胞可產(chǎn)生的蛋白質(zhì)量。因此，開(kāi)發(fā)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的有效計(jì)算方法具有巨大的技術(shù)和科學(xué)意義。

比賽任務(wù)在本次比賽中，Novozymes 邀請(qǐng)您開(kāi)發(fā)一個(gè)模型，根據(jù)實(shí)驗(yàn)熔解溫度數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)/排序酶變體的熱穩(wěn)定性，該數(shù)據(jù)來(lái)自 Novozymes 的高通量篩選實(shí)驗(yàn)室。

如果成功，您將幫助解決提高蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的基本問(wèn)題，使設(shè)計(jì)新穎和有用的蛋白質(zhì)（如酶和治療劑）的方法更快、成本更低。

評(píng)價(jià)指標(biāo)提交的內(nèi)容根據(jù)基本事實(shí)與預(yù)測(cè)之間的 Spearman 相關(guān)系數(shù)進(jìn)行評(píng)估。

每個(gè) seq_id 代表一種酶的單突變變體。你的任務(wù)是對(duì)這些變體的穩(wěn)定性進(jìn)行排名，為更穩(wěn)定的變體分配更高的排名。

數(shù)據(jù)描述在本次比賽中，您被要求開(kāi)發(fā)可以預(yù)測(cè)單點(diǎn)氨基酸突變和缺失后蛋白質(zhì)穩(wěn)定性（通過(guò)熔點(diǎn)，tm 測(cè)量）排名的模型。

對(duì)于訓(xùn)練集，蛋白質(zhì)穩(wěn)定性（實(shí)驗(yàn)解鏈溫度）數(shù)據(jù)包括自然序列，以及在自然序列上具有單個(gè)或多個(gè)突變的工程序列。數(shù)據(jù)主要來(lái)自不同來(lái)源的已發(fā)表研究。

測(cè)試集包含超過(guò) 2,413 個(gè)酶的單突變變體（GenBank：KOC15878.1）的實(shí)驗(yàn)熔解溫度，由 Novozymes A/S 獲得。

比賽賽程

2022年12月27日：報(bào)名截止日期。您必須在此日期之前接受比賽規(guī)則才能參加比賽。

2022年12月27日：團(tuán)隊(duì)合并截止日期。這是參與者加入或合并團(tuán)隊(duì)的最后一天。

2023年1月3日：最終提交截止日期。

賽題獎(jiǎng)金????

1st?Place?-?$?12,000

2nd Place - $ 8,000

3rd Place - $ 5,000

比賽鏈接：https://www.kaggle.com/competitions/novozymes-enzyme-stability-prediction/

解題思路賽題是一個(gè)典型的醫(yī)學(xué)蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)的比賽，任務(wù)可以抽象為回歸任務(wù)。建議可以參考也有學(xué)術(shù)模型。

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