Kaggle賽題解析：酶熱穩定性預測

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比賽名稱：Novozymes Enzyme Stability Prediction

幫助識別酶中的熱穩定突變

比賽類型：自然語言處理、生物醫學

比賽背景酶是在生物體的化學反應中充當催化劑的蛋白質。本次比賽的目標是預測酶變體的熱穩定性。實驗測量的熱穩定性（熔化溫度）數據包括天然序列，以及在天然序列上具有單個或多個突變的工程序列。

了解和準確預測蛋白質穩定性是生物技術中的一個基本問題。它的應用包括酶工程，用于解決世界在可持續性、碳中和等方面的挑戰。提高酶穩定性可以降低成本并提高科學家迭代概念的速度。語境

許多酶只是勉強穩定，這限制了它們在惡劣應用條件下的性能。不穩定性也會降低細胞可產生的蛋白質量。因此，開發預測蛋白質穩定性的有效計算方法具有巨大的技術和科學意義。

比賽任務在本次比賽中，Novozymes 邀請您開發一個模型，根據實驗熔解溫度數據預測/排序酶變體的熱穩定性，該數據來自 Novozymes 的高通量篩選實驗室。

如果成功，您將幫助解決提高蛋白質穩定性的基本問題，使設計新穎和有用的蛋白質（如酶和治療劑）的方法更快、成本更低。

評價指標提交的內容根據基本事實與預測之間的 Spearman 相關系數進行評估。

每個 seq_id 代表一種酶的單突變變體。你的任務是對這些變體的穩定性進行排名，為更穩定的變體分配更高的排名。

數據描述在本次比賽中，您被要求開發可以預測單點氨基酸突變和缺失后蛋白質穩定性（通過熔點，tm 測量）排名的模型。

對于訓練集，蛋白質穩定性（實驗解鏈溫度）數據包括自然序列，以及在自然序列上具有單個或多個突變的工程序列。數據主要來自不同來源的已發表研究。

測試集包含超過 2,413 個酶的單突變變體（GenBank：KOC15878.1）的實驗熔解溫度，由 Novozymes A/S 獲得。

比賽賽程

2022年12月27日：報名截止日期。您必須在此日期之前接受比賽規則才能參加比賽。

2022年12月27日：團隊合并截止日期。這是參與者加入或合并團隊的最后一天。

2023年1月3日：最終提交截止日期。

賽題獎金????

1st?Place?-?$?12,000

2nd Place - $ 8,000

3rd Place - $ 5,000

比賽鏈接：https://www.kaggle.com/competitions/novozymes-enzyme-stability-prediction/

解題思路賽題是一個典型的醫學蛋白質預測的比賽，任務可以抽象為回歸任務。建議可以參考也有學術模型。

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